Villa Calcinaia è un’azienda a conduzione biologica dal 2000 inizialmente sugli oliveti, estesa poi sui vigneti vecchi piantati tra il 1959 ed il 1975, fino a ricomprendere la totalità della superficie aziendale. La pratica biologica riguarda anche la trasformazione del prodotto in olio e vino. L’azienda ha un patrimonio molto importante di proprio genoma viticolo ed olivicolo risalente alla fine del 19imo secolo che viene propagato in occasione delle nuove piantagioni. La certificazione biologica naturalmente riveste anche le piantine utilizzate per i nuovi impianti e quindi coinvolge anche i vivai utilizzati per la costituzione del materiale.
Il fiume Greve divide la valle in due parti i cui terreni sono molto diversi l'uno dall'altro. La riva destra, infatti, è caratterizzata dalla catena montuosa conosciuta come "Monti del Chianti" e il suolo qui comprende prevalentemente arenarie e sabbia formata dalla disgregazione della roccia di queste montagne. La riva sinistra, invece, dove si trova Villa Calcinaia, è di origine eocenica e l’argilla calcarea è l'elemento predominante in queste parti. Il nome di Calcinaia può infatti essere tradotto come cava di calce, la cui estrazione era necessaria per la realizzazione di malte. Anche se il calcio può essere trovato in grande abbondanza nella tenuta e crea un certo fil rouge tra i diversi terreni, ci sono ancora differenze importanti nei vari vigneti grazie anche alla loro varia elevazione , da 200 metri a 350 metri sul livello del mare, l'esposizione e la presenza anche di molti piccoli affluenti del fiume Greve che attraversano la proprietà. Questi fiumiciattoli hanno formato nel corso dei secoli impluvi che attraverso la sedimentazione hanno creato nei terreni più bassi zone con presenza maggiore di argille grigie conosciuto in dialetto toscano come "mattaione". In generale la struttura del terreno a Calcinaia è franca; suoli profondi con una maggiore presenza di sabbia nelle parti basse che degradano verso il fiume Greve e suoli francolimosi poco profondi, con molto scheletro per le zone più elevate con la presenza in particolare di galestro : uno scisto argilloso la cui struttura esfoliante e superficie friabile garantisce permeabilità, contenuto di ghiaia e ricchezza di oligoelementi che assicurano l'equilibrio vegetativo della vite e la produzione di vini più minerali. Sopra una certa altitudine, circa 300 metri, si può iniziare a trovare anche affioramenti di "alberese", una marna calcarea tipica della zona di Gaiole che contribuisce alla vasta gamma di terreni a Calcinaia.
